En 1419, le comte et vice-roi de Corse Vincentello d’Istria (vassal du roi d’Alphonse V d’Aragon) fait construire le château au sommet du rocher qui domine la ville,  avec une muraille crénelée et trois tours, pour combattre la république de Gênes pour le royaume d’Aragon. Entre 1421 et 1434, il règne en souverain sur la Corse et installe le siège de son gouvernement à Corte.

Au XVIIIème siècle, le général de la Nation Pascal Paoli fait de Corte la capitale de son gouvernement pour la nation corse. En 1769, après la défaite du 9 mai de ses troupes corses à la bataille de Ponte Novu contre celles du roi Louis XV de France, la Corse passe sous domination française. Le comte Noël de Jourda ordonne alors d’augmenter les fortifications de la ville par la construction de la citadelle actuelle, sur le principe des fortifications et constructions de Vauban (seule citadelle parmi les six citadelles Corse à être construite à l’intérieur des terres). La construction de la caserne Padoue s’achève en 1776.

Entre 1962 et 1983,  la citadelle est occupée par la légion étrangère (groupement d’instruction de la légion étrangère).